Vilniaus lopšelis-darželis „Justinukas“ atvėrė duris 1985 metų balandžio 22 dieną. Pradžioje jis vadinosi vaikų lopšelis-darželis Nr. 57, o 1996 metų gegužės 29 dieną suteiktas „Justinuko“ vardas.
Nuo veiklos pradžios iki 2014 metų pabaigos vadovavo direktorė Janina Lipnickaja. Iki 2016 m. rugpjūčio 29 dienos laikinai direktoriaus pareigas ėjo Narinė Gaidelienė, o nuo 2016 m. rugpjūčio 30 dienos įstaigai vadovauja Monika Kelpšienė.
1986 metais išleistos dvi pirmosios laidos.
Darželyje veikė 10 ikimokyklinio ir 2 priešmokyklinio ugdymo grupės. Sumažėjus lankančių vaikų skaičiui, buvo uždarytos 2 grupės, kurių patalpose įrengta valgykla ir sporto salė su braidymo baseinėliu.
Lopšelyje darželyje „Justinukas“ vaikai grūdinami oro ir vandens procedūromis, įkurtas braidymo baseinėlis, krepšinio salė, sveikatingumo kambarys korekcinei mankštai bei ydingos laikysenos ir plokščiapėdystės prevencijai.
Nuo 2001 metų darželis yra respublikinės ikimokyklinių įstaigų darbuotojų asociacijos „Sveikatos“ želmenėliai“ narys.
Nuo 2008 metų lopšelis-darželis įtrauktas į Lietuvos sveikatą stiprinančių mokyklų tinklą.
Nuo 2013 metų pradėjo veikti vienuolikta „Boružiukų“ grupė, kuri įkurta valgyklos patalpose.
Nuo 2014 metų įstaigoje nebeliko priešmokyklinių grupių, kadangi Vilniaus miesto savivaldybės įsakymu, jos buvo perkeltos į „Pelėdos“ pradinę mokyklą.